北宜直鐵須新建長隧道(至少15.2公里)，施工困難度及安全風險高，說明如下:
由於高鐵南港站位於B3層，直鐵出南港後向東即進入汐止山區，至平溪前均須闢建隧道無法出露，因此除2公里長南港地下隧道外，須另闢15.2公里長山岳隧道。長度遠高於高鐵最長隧道8公里。且列車若行駛於直鐵，自板橋地下化路段起至平溪共約34公里長路段列車均於地下行駛，防災及逃生困難度高。
依據臺灣鐵路公司頒訂之「鐵路建設作業程序」特甲級線標準，隧道路段允許最大坡度為15‰，特殊情況下才能提高至25‰；北宜直鐵規劃坡度已達17‰，已超過特甲級線標準，由於臺鐵尚有許多推拉式列車及維修工程車，隧道內坡度過陡對營運效能及維修與搶救搶修將產生重大影響。
