95年環評遭否決
一、為提升東部鐵路運輸水準，交通部鐵路改建工程局辦理「東部鐵路快速化之研究規劃」，並於民國93年9月奉行政院同意。惟其中為興建北宜直線鐵路所研擬之「東部鐵路快捷化計畫－北宜直線鐵路(含礁溪車站東移段)初步綜合規劃」報告書送環保署審議後，於民國95年1月20日第138次委員大會作成「不應開發」之結論，得另提替代方案，不應開發4大因素為：
- 敏感區重大影響：34.1km山岳隧道經敏感區(自來水水質水量保護區、飲用水水源水質保護區、崩塌地特定水土保持區)，對環境有重大不利影響。
- 經9處斷層，對環境影響範圍及程度未確實評估。
- 沿線地質構造、地下含水層分佈及其水量未深入評估。
- 宜蘭端考古遺址未深入評估。
二、北宜直鐵方案及難以推動原因
鐵路改建工程局於102年辦理「臺鐵南港至花蓮提速改善計畫綜合規劃暨基本設計工作」提出北宜直鐵新方案一及新方案二兩種方案，說明如下:
新方案一：沿國５廊帶之直捷方案於坪林出露；本方案南港頭城間無設站、行經翡翠水庫集水區。
新方案二：避開翡翠水庫集水區，行駛時間略長；雙溪設站可提昇東北角發展；增列大溪頭城間改善。
新方案一交通效益高，惟涉翡翠水庫集水區保護，翡翠水庫管理局及環保團體均表明無法接受。
新方案二路線繞行後與原臺鐵宜蘭線行車時間節省效益有限，故當年推動直鐵時亦有花費巨資僅節省18分鐘之外界質疑，因此 宜蘭縣民意不支持新方案二。
公民團體曾於宜蘭縣召開多場反直鐵說明會，當年直鐵相關議題連結如下：
過去直鐵相關報導(以下引用之新聞及影片皆非商業用途分享，版權歸原發布單位所有)：
https://www.thenewslens.com/article/14173
https://www.chinatimes.com/newspapers/20160430000290-260501?chdtvv
富康街拆遷問題
南港未預留銜接軌道
直鐵於臺鐵南港站無預留銜接介面，南港端須施作延伸之兩股雙向營運，路線將行經富康街1巷下方，概估拆遷民宅棟數約18棟(多數為5層樓連棟公寓，包括誠正國中活動中心)，拆遷困難度高。
直鐵時間節省效益較低
高鐵延伸宜蘭方案與北宜直鐵方案的行車時間差異說明：
高鐵最高時速300公里，臺北至宜蘭僅需28分鐘，遠優於直鐵臺北至宜蘭56~64分鐘(含不同停站模式)。高鐵宜蘭站位於宜蘭縣中心位置，使用高鐵旅客到達高鐵宜蘭站後可利用鐵公路接駁轉運至目的地，公民團體指稱「高鐵比直鐵旅運時間僅快5分鐘」為錯誤資訊。
直鐵於礁溪以北較具行車時間優勢，但服務量能不足，高鐵於宜蘭以南較具行車時間優勢，且服務量能充足。觀察宜蘭縣人口分布，礁溪以北地區占宜蘭縣總人口14%(約6.3萬人)，宜蘭以南占宜蘭縣總人口86%(約38.6萬人)，以整體縣民福祉為考量，高鐵能帶給宜蘭縣內大多數鄉親更好的行車時間節省效益。
除了考量高鐵對於臺北往來宜蘭地區的旅行時間節省效益，若以臺灣全島的交通來看高鐵與直鐵的比較，對於中南部民眾往返東部地區，高鐵旅行時間更具優勢。以臺中至花蓮為例，未來有直鐵的情況下，從高鐵臺中站至臺鐵花蓮站，搭乘高鐵至臺北站轉乘直鐵，旅行時間約168-249分鐘；未來有宜蘭高鐵的情況下，從高鐵臺中站至臺鐵花蓮站，搭乘高鐵至宜蘭站轉乘臺鐵，旅行時間約140-211分鐘，宜蘭高鐵能節省28-38分鐘。
註：此處數據與環境部114年5月5日第1次專審會議及7月9日第2次專審會議簡報不同之原因，本局已於環境部114年8月20日環評大會進行澄清說明，主要原因如下：
- 臺鐵新購列車計畫已不再採購傾斜式列車，而改以EMU3000為花東線主力車種，因此前次數字係採EMU3000型列車之行車時間。
- 依上述，前次數字均係以EMU3000行車時間為依據，非時刻表內最短時間，為避免造成誤解，本次修正為臺鐵時刻表內該起迄點對號車最短及最長時間，並以範圍呈現。
- 為比較基準一致，行車時間起迄點皆調整為臺北至宜蘭。
臺鐵樹林七堵路線瓶頸
臺鐵樹林-七堵間為宜花東列車、基隆列車及西部幹線列車交會路段，為臺鐵最大瓶頸路段。現況平日及假日尖峰時刻(17點-19點)間平均每小時於樹林-七堵間已開行超過10列次，已達臺鐵系統最大運能無法再增加班次。
直鐵完成後，由於南港非可停駐車輛之調車場站，未能提供對號車整備、清潔及基本檢修，故無法成為發車車站及新增班次。因此興建直鐵仍需於樹林始發，將大幅受限於臺鐵樹林-七堵瓶頸路段有限的路線容量。
直鐵營運模式，原對號列車不停東北角瑞芳或福隆的班次可改為經由直鐵至宜蘭、花蓮及臺東。惟因對號列車均須通過樹林-七堵瓶頸路段，尖峰小時班次數無法增加。原區間車班次仍須開行舊線以服務東北角及宜蘭端各站，且亦受限樹林-七堵瓶頸，無法增加新線區間車班次。
直鐵無法走高鐵路廊，南港車站高臺鐵月台層高差逾14公尺
北宜直鐵無法利用高鐵路廊原因，說明如下:
一、南港端高鐵與直鐵軌道高差約14公尺
高鐵南港端現況已完成出露地面之引道段，直鐵並未預留延伸軌道，須拆除富康街多間民宅後，開挖地下隧道銜接B3層臺鐵月台，另高、臺鐵隧道在南港車站有顯著高差（逾20m），臺鐵無法使用同一高鐵隧道。
二、臺鐵系統與高鐵系統差異
依據高鐵路線設計準則，高鐵正線允許最大坡度為25 ‰，在連續坡度小於3公里範圍內可採用35‰。直鐵依據臺灣鐵路公司頒訂之「鐵路建設作業程序」特甲級線標準，隧道路段允許最大坡度為15‰，特殊情況下才能提高至25‰，由於臺鐵尚有許多推拉式列車及維修工程車，隧道內坡度過陡對營運效能及維修與搶救搶修將產生重大影響。
綜上說明，若直鐵要使用高鐵隧道，在平溪前直鐵均無法追上高鐵高程且無法出露地面，須從南港闢建地下隧道後，於汐止開始興建長度達17公里隧道至平溪才能出露，遠高於高鐵最長隧道8公里。
且直鐵若採用高鐵路廊，亦須考量於頭城端銜接回頭城車站可行性，及可能衍生的拆遷問題。
直鐵有15公里長隧道施工及安全風險高
北宜直鐵須新建長隧道(至少15.2公里)，施工困難度及安全風險高，說明如下:
由於高鐵南港站位於B3層，直鐵出南港後向東即進入汐止山區，至平溪前均須闢建隧道無法出露，因此除2公里長南港地下隧道外，須另闢15.2公里長山岳隧道。長度遠高於高鐵最長隧道8公里。且列車若行駛於直鐵，自板橋地下化路段起至平溪共約34公里長路段列車均於地下行駛，防災及逃生困難度高。
依據臺灣鐵路公司頒訂之「鐵路建設作業程序」特甲級線標準，隧道路段允許最大坡度為15‰，特殊情況下才能提高至25‰；北宜直鐵規劃坡度已達17‰，已超過特甲級線標準，由於臺鐵尚有許多推拉式列車及維修工程車，隧道內坡度過陡對營運效能及維修與搶救搶修將產生重大影響。
