臺鐵樹林-七堵間為宜花東列車、基隆列車及西部幹線列車交會路段，為臺鐵最大瓶頸路段。現況平日及假日尖峰時刻(17點-19點)間平均每小時於樹林-七堵間已開行超過10列次，已達臺鐵系統最大運能無法再增加班次。
直鐵完成後，由於南港非可停駐車輛之調車場站，未能提供對號車整備、清潔及基本檢修，故無法成為發車車站及新增班次。因此興建直鐵仍需於樹林始發，將大幅受限於臺鐵樹林-七堵瓶頸路段有限的路線容量。
直鐵營運模式，原對號列車不停東北角瑞芳或福隆的班次可改為經由直鐵至宜蘭、花蓮及臺東。惟因對號列車均須通過樹林-七堵瓶頸路段，尖峰小時班次數無法增加。原區間車班次仍須開行舊線以服務東北角及宜蘭端各站，且亦受限樹林-七堵瓶頸，無法增加新線區間車班次。
