一、為提升東部鐵路運輸水準，交通部鐵路改建工程局辦理「東部鐵路快速化之研究規劃」，並於民國93年9月奉行政院同意。惟其中為興建北宜直線鐵路所研擬之「東部鐵路快捷化計畫－北宜直線鐵路(含礁溪車站東移段)初步綜合規劃」報告書送環保署審議後，於民國95年1月20日第138次委員大會作成「不應開發」之結論，需另提替代方案，不應開發4大因素為：
- 敏感區重大影響:34.1km山岳隧道經敏感區(自來水水質水量保護區、飲用水水源水質保護區、崩塌地特定水土保持區)，對環境有重大不利影響。
- 經9處斷層，對環境影響範圍及程度未確實評估。
- 沿線地質構造、地下含水層分佈及其水量未深入評估。
- 宜蘭端考古遺址未深入評估。
二、北宜直鐵方案及難以推動原因
鐵路改建工程局於102年辦理「臺鐵南港至花蓮提速改善計畫綜合規劃暨基本設計工作」提出北宜直鐵新方案一及新方案二兩種方案，說明如下:
新方案一：沿國５廊帶之直捷方案於坪林出露；本方案南港頭城間無設站、行經翡翠水庫集水區。
新方案二：避開翡翠水庫集水區，行駛時間略長；雙溪設站可提昇東北角發展；增列大溪頭城間改善。
新方案一交通效益高，惟涉翡翠水庫集水區保護，翡翠水庫管理局及環保團體均表明無法接受。
新方案二路線繞行後與原臺鐵宜蘭線行車時間節省效益有限，故當年推動直鐵時亦有花費巨資僅節省18分鐘之外界質疑，由於宜蘭縣民意不支持新方案二。
故公民團體曾於宜蘭縣召開多場反直鐵說明會，所以直鐵各方案均難以繼續推動。
